Vuosi 2006 oli Procountorin historian paras. Yhtiön liiketoiminta kasvoi noin 50 prosenttia kaikilla mittareilla mitaten. Lähes 180 uutta yritystä otti Procountorin käyttöönsä vuoden aikana ja yhtiöllä oli vuoden 2007 alussa selvästi yli 500 yritystä asiakkaanaan.

Erityisesti yhteistyö tilitoimistojen kanssa tiivistyi merkittävästi vuoden 2006 aikana. Procountorin otti käyttöönsä ennätysmäärä uusia tilitoimistoja. Näyttääkin siltä että sähköisen taloushallinnon läpimurto sekä yritysten että tilitoimistojen osalta lähti liikkeelle vuonna 2006. Kaikki merkit viittaavat siihen, että kasvu kiihtyy entisestään vuonna 2007.